Якутский филиал ФГБНУ «ВНИРО» («ЯкутскНИРО») осуществляет свою деятельность на территории Республики Саха (Якутия).

Площадь территории Республики Саха (Якутия) составляет 3103,2 тыс. км². Более 40% территории лежит за Полярным кругом. С севера берега омываются морями Лаптевых и Восточно-Сибирским. По территории Республики Саха (Якутия) протекает не менее 300 тысяч рек и речек общей длиной около 1 млн. км. Число озер с площадью от 0,01 км² и более составляет 708844, их общая площадь – 74 тыс. км² (2,4% от площади республики).

Ежегодно изучаются водные объекты: реки Лена, Яна, Индигирка и Колыма, а также озера Республики Саха (Якутия).

Река Лена. Длина 4400 км, площадь водосбора – 2,49 млн. км². Река Лена принимает 2892 притока, из них самые крупные рр.: Алдан, Олекма, Витим, Киренга и Вилюй, который по своей длине превосходит р. Индигирку и р. Колыму. Бассейн р. Лены на территории Республики Саха (Якутии) занимает почти 1,9 млн. км² (примерно 62% территории Республики Саха (Якутии)). Река сформировала в м. Лаптевых дельту, площадью 30 тыс. км². В бассейне вылавливается 50% общей добычи и 80% сиговых рыб от республиканского вылова.

Река Яна является четвёртой по величине рекой в Якутии, имеющей выход на шельф Ледовитого океана. Длина 906 км, с наибольшим притоком –  1490км, площадь бассейна 238 тыс. км², принимает 504 притока, из них 89 длиной более 10 км. В бассейне 39,3 тыс. озер с общей площадью 3260 км².

Река Индигирка. Длина 1726 км, с наибольшим притоком – 1977 км, площадь бассейна 360 тыс. км², принимает 3209 притока, из них 203 длиной более 10 км, наиболее крупных – 38. В бассейне 80109 озер.

Река Колыма. От места слияния рек Кулу и Аян-Юрях до устья р. Колыма имеет длину 2600 км, площадь водосбора 665 тыс. км², принимает 275 притоков длиной более 10 км. Оценка состояния водных биоресурсов проводится в отношении 17 единиц запаса.

Озера. Рыбохозяйственный фонд озер складывается из наиболее продуктивных водоемов, тяготеющих к водоразделам основных магистральных рек и включает, по данным Гидрорыбпроекта (1967), 7869 озер (1,1% от общего количества) общей площадью 2828,2 тыс. га (33,4% от общего озерного фонда). В Якутии наибольшей площадью озер обладают бассейны р. Индигирки (5,970 тыс. км²) и Лены (5,665 тыс. км²).