Ежегодный мониторинг проводится филиалом в нижних течениях рек Лена, Яна, Индигирка и Колыма. Сбор материала проводится в основном в осенний период во время массового хода промысловых видов рыб. Пункты мониторинга расположены на рыбопромысловых участках Булунского, Усть-Янского, Аллаиховского и Нижнеколымского районов Якутии.
С 23 августа по 19 сентября исследования проводились в нижнем течении реки Индигирка. Основу промысла здесь составляют сиговые виды рыб – муксун, ряпушка, чир, сиг и омуль арктический. Для исследования популяции лососевых (кеты и горбуши) в мониторинге принял участие ведущий специалист отдела морских рыб Дальнего Востока департамента морских и пресноводных рыб России ФГБНУ «ВНИРО» Емелин Павел Олегович.
В нижнем течении реки Колыма исследования проводились с 24 августа по 18 сентября. Из сиговых здесь промыслом осваиваются в основном ряпушка, чир и сиг. Также в мониторинге для изучения популяции лососевых с центрального института принял участие старший научный сотрудник отдела тихоокеанских лососей департамента анадромных рыб России ФГБНУ «ВНИРО» Гордеев Илья Иванович.
С 27 августа по 23 сентября мониторинговые работы были проведены в нижнем течении реки Яна. Рыбопромысловый участок расположен в селе Усть-Янск. Основу промысла составляют ряпушка, чир, сиг, муксун и тугун.
С 25 сентября начинается мониторинг водных биоресурсов в нижнем течении реки Лена. Пункт мониторинга расположен в рыболовецком поселке Тит-Ары Булунского района.
Результаты исследований будут применены в прогнозе объемов общего допустимого улова и рекомендованного вылова водных биоресурсов на 2026 год.